Termékek, reagensek

A célzott szekvenálás kivitelezését segíti elő az iBioScience Kft. által kifejlesztett az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható Custom Panels for Third Generation Sequencing reagens. A célzott szekvenálás segítségével a szekvenálás során kisebb régiókra fókuszálhatunk, ezáltal csökkentve a szekvenálási költséget és növelve a szekvenálási mélységet. A reagensek segítségével 0-50.000 bp hosszúságú régiók megközelítőleg 5.000 bp méretű amplikonokkal lefedhetőek, amely ideális a hosszú leolvasási hosszal rendelkező szekvenáló készülékek számára. Az amplifikálást követően minden amplikon esetében a bárkód szekvenciák is a célmolekulára kerülnek, így ezt követően nincs szükség a minták további jelölésére.

A célzott szekvenálás kivitelezését segíti elő az iBioScience Kft. által kifejlesztett az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható Custom Panels for Third Generation Sequencing reagens. A célzott szekvenálás segítségével a szekvenálás során kisebb régiókra fókuszálhatunk, ezáltal csökkentve a szekvenálási költséget és növelve a szekvenálási mélységet. A reagensek segítségével 50.000-200.000 bp hosszúságú régiók megközelítőleg 5.000 bp méretű amplikonokkal lefedhetőek, amely ideális a hosszú leolvasási hosszal rendelkező szekvenáló készülékek számára. Az amplifikálást követően minden amplikon esetében a bárkód szekvenciák is a célmolekulára kerülnek, így ezt követően nincs szükség a minták további jelölésére.

A célzott szekvenálás kivitelezését segíti elő az iBioScience Kft. által kifejlesztett az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható Custom Panels for Third Generation Sequencing reagens. A célzott szekvenálás segítségével a szekvenálás során kisebb régiókra fókuszálhatunk, ezáltal csökkentve a szekvenálási költséget és növelve a szekvenálási mélységet. A reagensek segítségével 200.000-500.000 bp hosszúságú régiók megközelítőleg 5.000 bp méretű amplikonokkal lefedhetőek, amely ideális a hosszú leolvasási hosszal rendelkező szekvenáló készülékek számára. Az amplifikálást követően minden amplikon esetében a bárkód szekvenciák is a célmolekulára kerülnek, így ezt követően nincs szükség a minták további jelölésére.

Kutatási célra használt harmadik generációs amplikon alapú szekvenálást lehetővé tévő könyvtárak minőségellenőrzése és adatelemzés optimalizálására használt reagens.

A harmadik generációs szekvenáló platformok lehetővé teszik bármilyen hosszúságú amplikon leolvasását fragmentálás nélkül. Az iBioScience Kft. által forgalmazott TG Long Amplicon Sequencing QC & Validation Kit reagens biztosítja az 2000-5000 bp közötti hosszú amplikonok szekvenálása esetén az adatelemzési paraméterek optimalizálásához szükséges reagenseket. A reagens PhiX genomból származó ismert mutációkat tartalmaz (SNP-k és INDEL-ek meghatározott allél frekvenciával), ezzel elősegíti az optimalizált variáns hívást és szűrést a lefedettség függvényében. A reagenst a könyvtárkészítés utolsó szakaszában kell hozzáadni a vizsgált mintához, mint belső kontroll. A QC kit-ben található oligók a szekvenáláshoz használt barcode szekvenciákát tartalmazzák, a szekvenáláshoz szükséges motor fehérjéket utólag szükséges ligálni.

Kutatási célra használt harmadik generációs DNS alapú teljes genom könyvtárak minőségellenőrzése és adatelemzés optimalizálására használt reagens.

A harmadik generációs szekvenáló platformok lehetővé teszik bármilyen hosszúságú nukleinsav fragment leolvasását. Az iBioScience Kft. által forgalmazott TGS WGS Sequencing QC & Validation Kit reagens biztosítja teljes genom genom szekvenálás esetén az adatelemzési paraméterek optimalizálásához szükséges reagenseket. A reagens PhiX vírus genomból származó ismert mutációkat tartalmaz (SNP-k és INDEL-ek meghatározott allél frekvenciával), ezzel elősegíti az optimalizált variáns hívást és szűrést a lefedettség függvényében. A reagenst a könyvtárkészítés utolsó szakaszában kell hozzáadni a vizsgált mintához, mint belső kontroll. A QC kit-ben található oligók a szekvenáláshoz használt barcode szekvenciákát tartalmazzák, a szekvenáláshoz szükséges motor fehérjéket utólag szükséges ligálni. A kit tartalmazza az adatanalízishez használt szofvert.

Kutatási célra használt újgenerációs szekvenáló DNS alapú teljes genom (Whole Genome Sequencing) könyvtárak minőségellenőrzésére és adatelemzés optimalizálására használt reagens.

Teljes genom szekvenálási eredmények hatékony kiértékelését segíti elő az iBioScience Kft. által kifejlesztett az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható NGS WGS QC & Validation Kit. A szomatikus variánsok azonosítása során igen fontos az adatelemzési paraméterek optimalizálása, például a detektációs limit meghatározásánál a különböző lefedettségek mellett. Ezért a NGS WGS QC & Validation Kit egy PhiX genom alapú ismert mutációkat tartalmazó reagens. Az ismert mutációk, SNP-k és rövid INDEL-ek, meghatározott allél frekvenciával rendelkeznek (1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 50%, 75% és 100%) ezzel elősegítve az optimalizált variáns hívást és szűrést a lefedettség függvényében. A reagenst a könyvtárkészítés után kell hozzáadni a vizsgált mintához, mint belső kontroll és egyedülálló tiszta mintaként, függetlenül is meg kell szekvenálni. A QC kit-ben található oligók már tartalmazza a szekvenáláshoz használt univerzális adaptert és a barcode-okat is.

Kutatási célra használt újgenerációs szekvenáló, DNS alapú célzott régió szekvenálást (Amplicon Sequencing) lehetővé tévő könyvtárak minőségellenőrzésére és adatelemzés optimalizálására használt reagens.

A célzott régió vagy amplikon szekvenálási eredmények hatékony kiértékelését segíti elő az iBioScience Kft. által kifejlesztett az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható NGS NGS Amplicon-Seq QC & Validation Kit. A szomatikus variánsok azonosítása során igen fontos az adatelemzési paraméterek optimalizálása, például a detektációs limit meghatározásánál a különböző lefedettségek mellett. Ezért a NGS Amplicon-Seq QC & Validation Kit egy PhiX genom alapú ismert mutációkat tartalmazó reagens. Az ismert mutációk, SNP-k és rövid INDEL-ek, meghatározott allél frekvenciával rendelkeznek (1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 50%, 75% és 100%) ezzel elősegítve az optimalizált variáns hívást és szűrést a lefedettség függvényében. A reagenst a könyvtárkészítés után kell hozzáadni a vizsgált mintához, mint belső kontroll és egyedülálló tiszta mintaként, függetlenül is meg kell szekvenálni.A QC kit-ben található oligók már tartalmazza a szekvenáláshoz használt univerzális adaptert és a barcode-okat is.

A kit tartalmazza a SARS-CoV-2 vírus RNS genomjának szekvenáláshoz szükséges reagenseket a mintaelőkészítéshez és a szekvenáláshoz. A kiindulási minta a vírus RNS, amely első lépésként cDNS átírással készíthető elő. A teljes SARS-CoV-2 genomot specifikus primerekkel kell amplifikálni, ennek során 100 és 260 bp méret közötti amplikonok keletkeznek, amelyek lefedik a teljes virális genomot. Az amplifikálást követően az index szekvenciák egy PCR reakcióban kerülnek a szekvenciára, ennek során 384 különböző index használható. A könyvtárakat Illumina platformon 2×150 PE leolvasással ajánlott szekvenálni.

A SARS-CoV2 vírus genomjának hatékony meghatározását segíti elő az iBioScience Kft. által továbbfejlesztett, az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható 2019-nCoV Enrichment Primer Mix reagens. Mivel a virális RNS mellett nagy arányban előfordul nem virális eredetű (humán, bakteriális) nukleinsav is, ezért a szekvenálási folyamat során erősen ajánlott egy dúsítási lépést elvégezni. A 2019-nCoV Enrichment Primer Mix összesen 218 primert tartalmaz, amelyekkel hagyományos végpont PCR útján a teljes vírusgenom amplifikálható. A primerek koncentrációinak optimalizálása révén olyan kiegyensúlyozott indítószekvencia keverékek használható, amellyel akár az alacsony vírus kópiaszámot tartalmazó mintákból is felsokszorsítható a vírus teljes genomjának megfelelő lefedettségét biztosító amplikon populáció.

Kutatási célra használt újgenerációs szekvenáló, RNS alapú szekvenálást lehetővé tévő könyvtárak minőségellenőrzésére és adatelemzés optimalizálására használt reagens. A célzott régió vagy amplikon szekvenálási eredmények hatékony kiértékelését segíti elő az iBioScience Kft. által kifejlesztett az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható NGS RNA-Seq QC & Validation Kit. Az RNS szekvenálás során igen fontos az adatelemzési paraméterek optimalizálása, például a térképezési küszöbértékek meghatározása. Ezért a NGS RNA-Seq QC & Validation Kit egy PhiX genom alapú ismert mutációkat tartalmazó reagens. Az ismert mutációk, SNP-k és rövid INDEL-ek, meghatározott allél frekvenciával rendelkeznek (1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 50%, 75% és 100%) ezzel elősegítve az optimalizált térképeződési beállításokat. és szűrést a lefedettség függvényében. A reagenst a könyvtárkészítés után kell hozzáadni a vizsgált mintához, mint belső kontroll és egyedülálló tiszta mintaként, függetlenül is meg kell szekvenálni. A QC kit-ben található oligók már tartalmazzák a szekvenáláshoz használt univerzális adaptert és a barcode-okat is.

Kutatási célra használt humán teljes exom szekvenálási vizsgálatok kivitelezését segíti elő az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható WES Research Combo kit. A teljes exom szekvenálás az egyik legszélesebb körben alkalmazott célzott szekvenálási módszer, mivel az ismert genetikai betegségekben előforduló variánsok 85%-a valamilyen fehérje kódoló régióban található. Az exom szekvenálás során a teljes genom csupán 2%-át elegendő meghatározni, így a célrégióban nagyobb mélységet érhetünk el alacsonyabb szekvenálási költségen. A kit továbbá tartalmazza a humán mitokondriális genom célzott szekvenálásához szükséges vegyszereket.

A csomag tartalmazza a teljes humán exom és a mitokondriális genom szekvenáláshoz szükséges reagenseket 14 genomikus DNS mintára, műanyag eszközöket, automatizálási programot és a bioinformatikai analízishez szükséges szoftvert. A kit része a Qubit készüléken történő koncentráció és a TapeStation 4200 készüléken történő fragmenthossz meghatározáshoz szükséges reagensek. Az oligonukleotidok koncentrációinak optimalizálása révén olyan kiegyensúlyozott próbakeverékek használhatóak, amellyel akár az alacsony mennyiségben előforduló humán DNS is hatékonyan és egyenletesen dúsítható. A könyvtárak készítésénél használatos hibridizációs próba panelek naprakész exom-tartalommal rendelkeznek a költséghatékony és megbízható humán teljes exom szekvenálás érdekében. Hibridizációs panel tartalmi specifikációk: 34 Mb exom panel (> 99%-a RefSeq, CCDS, ClinVar és ACMG patogén/valószínű Patogén variánsok, COSMlC Cancer Gene Census, OMlM), 16,6 Kb mitokondriális genom panel. Bemeneti mennyiség: 10 – 1000 ng genomikus DNS. A könyvtárkészítés során lehetséges akár 96 minta automatizált feldolgozása és szekvenálása egyidejűleg a kettős index alapú jelöléssel. A kit továbbá tartalmazza az illumina NovaSeq 6000 platformon 2×150 bázispáros leolvasással történő szekvenáláshoz szükséges összes fogyóeszközt és vegyszert. Az informatikai csomag része: a teljes munkafolyamathoz tartozó Hamilton folyadékkezelő rendszeren futtatható automatizálási program, illetve az exom és a mitokondriális genom SNP analízishez szükséges szoftver, amely alkalmas a nyers adatok minőségellenőrzésére, variánsok azonosítása, a variánsok annotálására is.

A sejtmentes minták genetikai vizsgálatát segíti elő az újgenerációs szekvenálási technológiában alkalmazható WES cf Research Combo kit, amely alkalmazható ultra alacsony nukleinsav esetén is. A szekvenálási technológia fejlődésével egyre egyszerűbben vizsgálható a sejtmentes keringő DNS, ez a módszer az onkológiai és genetikai kutatásokban is nagy áttörést jelenthet. Mivel a sejtmentes biológiai minta nagyon alacsony mennyiségű DNS-t tartalmaz, ezért indokolt lehet a DNS amplifikálása. A felsokszorozott sejtmentes DNS mintából a teljes humán exom és mitokondriális genom költséghatékonyan dúsítható és vizsgálható.

A csomag magában foglalja 12 darab alacsony koncentrációjú DNS lineáris amplifikálásához szükséges reagenst, a DNS fragmentálásához, az adapterek ligálásához valamint a könyvtárak dúsításához és amplifikálásához szükséges komponenseket, a könyvtárak mennyiségi és minőségi ellenőrzéséhez szükséges reagenseket. A könyvtárkészítéshez használatos hibridizációs oligonukleotid panelek naprakész exom tartalommal rendelkeznek a költséghatékony és megbízható teljes exom szekvenálás érdekében. Hibridizációs panel tartalmi specifikációk: 34 Mb exom panel (> 99%-a RefSeq, CCDS, ClinVar és ACMG patogén/valószínű Patogén variánsok, COSMlC Cancer Gene Census, OMlM), 16,6 Kb mitokondriális genom panel. Bemeneti mennyiség: 100 pg – 10 ng sejtmentes vagy genomiális DNS. A könyvtárkészítés során lehetséges akár 96 minta automatizált feldolgozása és szekvenálása egyidejűleg a kettős index alapú jelöléssel. A kit továbbá tartalmazza az illumina NovaSeq 6000 platformon 2×150 bázispáros leolvasással történő sejtmentes DNS mély szekvenálásához szükséges összes fogyóeszközt és vegyszert. Az informatikai csomag része: a teljes munkafolyamathoz tartozó Hamilton folyadékkezelő rendszeren futtatható automatizálási program, illetve az exom és a mitokondriális genom SNP és VAF analízishez szükséges szoftver, amely alkalmas a nyers adatok minőségellenőrzésére, variánsok azonosítására, a variánsok annotálására is.